而徐阶直接拒绝了高拱的建议。因为徐阶知道，对于下面的人，赏赐总是多多益善的，无论出于什么理由减少赏赐，都会得罪人。以徐阶的精明，当然不会做这种有害于己的傻事，毕竟赏赐花的钱又不用他徐阁老出。结果高拱力争而不果，最终，赏赐沿袭嘉靖登基的标准发出，而户部则为此困苦不支。
又譬如有一次廷议，众言官为了该不该拟去一个大臣的问题争执不下，双方吵得就差上演全武行。徐阶一看这局面不好把控，又不愿意开罪言官的任何一方，就打算把问题推给皇帝，让皇帝决定该大臣的去留。
因为高拱把自己定位为隆庆帝的第一忠臣，所以他认为徐阶这么做，不光是自私，而且还是在刻意打压和蔑视新君的威严——我父皇这辈子尽干错事，我这个新君能有面子到哪去？
徐、高之间的矛盾当然并不只有这么一点，随便再举两个例子：在新帝登基后的赏军大典上，高拱再一次与徐阶出现政见分歧。原本新皇登基之时赏赐军方并非什么祖制，而是从正统元年开始的惯例。嘉靖帝即位时因为国库殷实，便将原定的赏赐又翻了一倍。
高拱当场质疑徐阶不负责任的行为，发出异议：“不能开这个‘恭请圣裁’的先例。在先朝遇事不决请上裁，是因为先帝经久执政，通达国体；而今上即位这才几天，怎么可能知道群臣谁贤谁不肖？让皇上自己裁定，皇上却该如何判断？恐怕只能询问身边的人。长此以往，天下大事就可能会被宵小劫持了。”
更可怕的是，张居正深知：高拱是真的打从心眼里想要反对徐阶旧政的。
这事必须得从当年的具体情况说起：嘉靖四十五年十二月十四日，嘉靖皇帝驾崩。当晚，徐阶召来得意门生张居正，紧急赶制出一份嘉靖自述口吻的《遗诏》。到了次日早晨，呈给作为新皇的裕王，由其颁布天下。但是这件事并没有与内阁其他同僚商议，仅由徐阶授意、张居正捉刀，完全把其他辅臣都排除在外，因此就引起了内阁矛盾的再一次激化。
高拱立刻表示赞同，道：“先帝是英主，御国四十五年来的所作所为，难道都是错的？而今上是先帝的亲子，三十岁登基，并非幼主，这样强迫今上将先帝的罪过昭示天下，将置帝王尊严于何处？再者，当初先帝本来就曾经想要停止斎蘸之事，是谁建议他重修紫皇殿的？那些土木工程，一丈一尺全都是他们徐家父子亲手策画，现在难道能全部归罪于先帝吗？在先帝生前，他一味谄媚，待先帝甫一晏驾，便肆意诋毁侮辱，实在令人不齿。”说着与郭朴相视泪下。
其实高拱这一番言论，要说全部出自本心，那恐怕也未必。他对嘉靖帝按理说并没有那么深的感情，更不会真为其身后声名毁损而难过。实际上，他主要是对裕王这位新帝可能遭徐阶挟持并受委屈而担忧，毕竟他与隆庆皇帝的君臣际遇远非他人可比。
完全被透明化的内阁同僚们，肯定不能淡定呀！
虽然唯徐阶马首是瞻的李春芳没敢表达什么意见，但高拱和郭朴两位阁老却出离的愤怒了。郭朴当场激动地道：“徐公这是假托遗诏，毁谤先帝，其心可诛！”
张居正面色阴沉如水，脑子里仔细的把近两个月的政局捋了一捋。然后他发现，高拱近来似乎真有要一反徐阶旧政的意思。
然而从根本的出发点上来说，这番话其实主要还是针对徐阶。因为徐阶其实是利用世代交替的时机，巧妙地把先朝的一切弊政都归咎于死人，从而将他自己以前的不光彩举动摘得干干净净，不仅如此，还极大地收买了人心。而他在做这件事的时候，却又故意将包括高拱自己在内的内阁同僚排除在外，这种毫不遮掩的蔑视和打压，才是真正令高拱愤恨不已的。
但旨意虽然这么说，实际上还是推翻了《遗诏》，对建言获罪的大臣们平反昭雪之事，也就随之无疾而终，有望重见天日的几百户家庭，又入苦海。这里头还牵连到一个人，这个人是大文豪王世贞的父亲。结果嘛……历史上王世贞写《嘉靖以来首辅传》，其中肆意诋毁和丑化高拱，但凡高拱有功之处，要么一笔带过，要么“乌足道也”，而只要曾有对高拱不利的传言，却一条条清晰记录并大加阐发。
因为王世贞在文坛的历史地位，这《首辅传》偏偏成为后世研究这段历史的重要资料！高拱的名声在后世之所以坏了那么多年，直到差不多改革开放之后才被一些学者慢慢翻案，原因就出在这里。
徐阶立刻黑了脸，认为高拱纯粹无理取闹，凡事非要与自己对着干才高兴。在言官们的支持下，徐阶再一次胜利，最终还是请了“上裁”。而高拱和徐阶的矛盾，也更加地公开化，朝廷上下无人不晓。由于徐阶的威望和影响力，再加上他不得罪人，而高拱则一门心思维护自己皇帝学生的，因此舆论都倾向于指责高拱擅权，破坏内阁秩序。
像这样的矛盾在高拱当初第一次入阁的近一年时间里，在徐、高二人之间几乎不间断地上演。只是由于新朝初始的不稳定状态，使得这些事情所牵动的气氛愈发微妙。时人黄景昉有评论说：“高拱任怨，徐阶专任恩，二者的倾轧皆由此而起。”该评价可谓中肯。
徐阶的圆滑与高拱的直率，形成了鲜明的对比，且都是些不可调和的矛盾。二人对国事的用心程度，也完全不在一个层次上。徐阶兼顾各方利益，尤其小心谨慎，首要目的是明哲保身，在圆滑处理事件的基础上始终先让自己立于不败之地；而高拱则往往就事论事，心无旁骛，为此甚至不在乎与任何人结怨。
而高拱此番起复，首先就推翻了“恤录先朝建言诸臣”。当初徐阶在草拟的《嘉靖遗诏》中，对嘉靖在位四十五年间因敢于直言而被革职、充军、下狱和论死的大臣平反昭雪，这里头牵涉到的是一大批人，得不得民心不好说，但肯定是一件极得官心的大好事。
但高拱一回京，立刻就将此推翻了。高拱的理由是这些臣子的“罪”，都是先帝嘉靖定的。先帝定的案能翻吗？不能，因为如果这些人都平反昭雪，那不就明摆着是先帝错了吗？这还得了！
一句话，你徐阶的这个做法“有妨于圣德”，同时评价徐阶“不以忠孝事君，务行私臆”、“归过先帝”。这一招当然十分凶狠，在张居正看来，属于是欲置徐阶于死地。幸好隆庆这次颇有主见，只是同意了对获罪诸臣不可“不加甄别，尽行恤录”，而没有直接动徐阶。
冯保眼见得张居正面沉如水，目光中甚至不自觉地流露出一丝杀机，心中暗暗得意，再次补刀：“太岳相公，前些日子高胡子放出风来，说什么与华亭公当年不过是一点小小的私人过节，这话你是当事人，总不会相信吧？而且据我手底下的番子打探，前几日，他还在家中夜会了在京的学生们，其中四位科道官……你猜他高胡子是想做什么？”
徐阶的情况，现在可不是一句不太妙就能形容得了的。他现在完全称得上是麻烦很大。
说到底，徐阶在乎的是官位名利，高拱在乎的是天下大业。
后来因为京察，连带着爆发了胡应嘉案，一番龙争虎斗之后，“满朝倒拱”，高拱狼狈下野，而徐阶最终也失去圣心，致仕归乡。
隆庆登基，徐阶打算按照嘉靖登基时的标准去办，高拱立刻表示反对，道：“现在的国库空乏，承受不起这项消耗。不如按照正统时的标准行事，那么就可以省下一半的钱，只要花二百万就够了。”
