朝鲜义军、僧兵蠢蠢欲动，日军方面当然也不是在闲着睡大觉。此时在清州城内的日军守将为蜂须贺家政，其所部正镇守于清州至忠州之间的大小城镇，兵力可谓相当分散，其在清州城内居然仅有三百余人。
危险吗？看起来很危险，不过这其实也要看大局，毕竟日军自登陆以来，朝鲜军往往一触即溃，日军根本未遇敌手。正是在这样的大局之下，蜂须贺家政由此对朝鲜战力不屑一顾，虽然身边仅留数百士兵，他也认为足以压制清州，并威慑周边。
这月初一，赵宪所部一千一百人，灵圭僧兵七百人，官军五百，合计两千三百余人进抵清州。由于此前赵宪已经定下计谋，因此便先令本部出五百人诱敌出城，剩余六百义军与七百僧兵于两侧埋伏等待号令，官军负责追击败军。应该说，这是一个极其常见的诱敌围歼计。
蜂须贺家政见清州城外的挑衅者全是寻常百姓，一个个身无片甲，手持粗制刀枪，甚至许多人不过是拿着锄头、草叉、柴斧等农具，同时他们还队列散乱，只知道在火绳枪射程之外叫骂。
蜂须贺家政冷笑连连，对手下人道：“区区数百贱民，手持农具，连足轻也称不上，哪来的胆量敢在城外叫骂，必须全部碎尸万段，以儆效尤！”他不是说说而已，立刻下令以一百兵卒追杀此股义军。
义军见一百余名日军攻来，便与之厮杀。显然，义军虽有五百之众，但衣甲兵械毕竟不如日军精良，加上又是无阵型乱斗，激战不过一刻便有近三百名义军伤亡，战局可谓一边倒。
赵宪见状忙发信号，前部后退引日军追击，随后两侧伏兵突起，瞬间便将日军合围。这一下兵力优势太大，日军无法突围，全部被义军及僧兵斩杀。不过义军缴获火绳枪却不会使用，只得先当做冷兵器随身携带。
蜂须贺家政于城楼望见敌有伏兵，不禁吃惊，细数下来惊觉敌军竟有数千之众，由于此刻城内守兵仅剩两百，蜂须贺家政心中无底，难免有所慌乱。
赵宪及灵圭趁势号令僧兵、义军全力攻城，义军士气高涨，呼喊响彻清州，于城下与日军鏖战。此刻忽然乌云密布，天降倾盆大雨，日军火绳枪虽然制作精度不错，但技术水平却不算高，可比不得明军前些年换装的万历二式那样拥有一定防雨水能力，因此陡然之间全部失效。不过祸兮福所倚，朝鲜方面也因大雨浇灌而无力攻城，赵宪无奈之下也只能下令撤围。
蜂须贺家政见天降大雨，急忙跪地感谢神明护佑，但同时心知，次日一旦天晴，义军必再攻城，到时恐怕清州不保。蜂须贺家政当机立断
率领剩余部卒连夜撤离清州。
到了次日清晨，义军果然再围清州，却见清州早已城门大开，清州百姓四处活动。赵宪及灵圭疑惑不解，找来一名妇女询问，方知日军昨夜便已离去。赵宪心疑，不知是否是计，因此也不敢轻举妄动，但官军闻听这一大捷，却一马当先直入清州，宣布清州光复。
清州光复后，赵宪向官军讨要表功奏疏查看，谁料官军不给。赵宪率众强夺而看，果然奏疏中将光复清州之首功归于官军，并称颂僧兵协助，却惟独对义兵却只字不提。赵宪勃然大怒，义军因此和官军接连爆发冲突。
灵圭只好充当和事老劝慰双方，赵宪忿忿不平得回答道：“数千义民不惧生死与敌寇拼杀，他们只字不提，官军寸功未立不过先入空城，他们却敢上报首功！
他们这样做，分明是对不准官军参与战斗的挟私报复，此等无耻行径绝不能坐视不理。灵圭大师，你既是无欲无求之人，便请勿要多言，刀剑无眼，再上前来必遭无妄之灾！”
话说到这个地步，灵圭也只能徒呼奈何。从此起，公州义军、僧兵、官军之盟实质上已经瓦解。
到了本月中旬，赵宪接到命令，朝廷要求义军、僧兵、官军合力南下收复锦山。赵宪坚决反对同官军合力，决意自领义军收复锦山。
灵圭得知，连忙劝道：“公切不可意气用事，贫僧想清州一战之后，义军仅剩七百，锦山倭将为小早川隆景，听闻乃倭国名将，极具谋略。此人部下兵多将勇，实力强大，且如今正占据险要，单凭公目前兵不满千，必是有去无回。还是遵从朝廷之令，三部合力，从长计议为好。”
然而赵宪对官军之厌恶已到极点，自然不依，执意单独行动，他傲然道：“君辱臣死，既接到军令，我当立刻奔赴锦山再作计较，即便飞蛾扑火也定收复锦山。但请恕在下绝不与宵小之徒共事。大师若也依然愿意杀敌报国，便请与我同去。”
赵宪说罢，便正式与灵圭告别而去，潇洒而决然。
另一边，小早川隆景听说公州赵宪领义军数百来攻锦山，如今正夜宿城外，便对立花宗茂说道：“朝鲜义军虽勇，但相比我军仍就是相差悬殊，断不敢以此等军力于城外驻扎，我本料其或是一部疑兵。不过，这领兵者若果真是赵宪，那却应另当别论。
我曾听闻，赵宪为朝鲜名儒，但生性孤僻，固执偏激，任何人都难与之长期共事，如此推断，则此军应是孤军。
况且，赵宪虽深通儒学，但对军略却不得要领，不算难缠之敌。宗茂，你让高桥统增领一千五百人
趁夜秘密出城，绕到赵部背后，一是探查周边有无伏兵，若确为孤军便伏于敌后，待明日你我亲领武士出阵，前后相击，讨取敌将首级。”立花宗茂领命并立刻安排。
次日凌晨，赵宪阵中义军大部仍在梦中，锦山城门大开，小早川隆景、立花宗茂引兵杀向赵宪，义军哨兵慌乱。
赵宪闻听喊杀声起，急令全军迎战，但日军主力已近在咫尺，伏兵已然杀至，义军大乱，赵宪率众拼命反抗，并激励部下道：“性命唯有一次，必当轰轰烈烈，为国为民，杀尽倭寇！”
然而，军心士气固然是冷兵器时代的制胜法宝之一，但如今却已经是冷热兵器交替时节，而日军不仅人多势众，且装备精良，配合得当，杀伤力之巨大亦非古时可比。
赵宪之子身批启赋战袍，本想吸引敌军，便于赵宪逃脱，但日军铁炮火力密集，赵宪之子顷刻中弹身亡。此次激战之后，赵宪及七百义兵无一生还，而小早川隆景大胜之后，日军则有序退回锦山。
次日，赵宪弟子率小股义军赶至，发现遍地尸骸，便聚拢合葬。三日后，灵圭领僧兵进攻锦山，灵圭闻听赵宪死讯，悲愤莫名，立誓要为赵宪报仇。
灵圭领僧兵巧借山势与日军周旋，连战三天三夜。僧兵骁勇，且因身份关系而信念坚定，再加上日军多有信佛之人，对与僧兵作战颇有顾虑，导致战况变得有些拉锯。
小早川隆景严令死守，不断调整布防，铁炮手居高临下昼夜射击，直到发现某次僧兵孤注一掷的全军压上，他才下令打了一次短促突击。这次突击正是在关键时刻打出了关键效果，导致僧兵全灭，灵圭战死。
如此一来，自高敬命、赵宪、灵圭等人相继战死锦山之后，全罗、忠清、庆尚三道各地义军尽皆愤慨，隔三差五便零散行动或集结进兵，前赴后继向锦山发动进攻。
小早川隆景本想以锦山作为攻占全罗道之据点，却意外发现自己居然成了众矢之的，反而导致被困于锦山城中，连日——哦不对，是连月以来疲于防守，这般情况实在令这位日军智将也深感头疼。
而庆尚道的毛利辉元第七军则在剿灭义军中进展不佳，甚至搞得军师黑田官兵卫亲自从汉阳赶至庆尚道予以援助。
黑田官兵卫了解了当地战况之后，请毛利辉元大遣诸将分布各城、收拢民心。至于黑田官兵卫自己，他则亲领三千精锐，先后于各城设诱敌之计，故意示弱，诱导零散义军入围斩杀，再安抚百姓，直至地方稳固。
同时，他一并令吉川广家领军一万，紧盯郭再佑所部，步步推进，压缩
其游击区域，联合第九军逼迫郭再佑等各部义军退至晋州。
在这一阶段中，日军陆上的表现大抵如此，接下来该说一说海上方面了。
却说自李舜臣在与日军的海战中连战连捷，丰臣秀吉得知后勃然大怒，严令水军大将九鬼嘉隆反击李舜臣。
九鬼嘉隆其实现在一个头两个大，原因是他既肩负海运线路保障，但又无法调集日军水军的主要战力。此时日本水军真正的主力一直留在大坂附近，用以防备尚未与日本“达成协议”的北洋海贸同盟关东舰队突袭大坂城，毕竟大坂才是丰臣秀吉的老巢，大坂若是有失，他九鬼嘉隆灭族只怕都是轻的。
九鬼嘉隆无奈，只好请胁坂安治率水军运输舰队主力七十三艘战船出战，另外又请加藤嘉明、藤堂高虎率队从旁策应。
胁坂安治传见部将胁板左兵卫、渡边七卫门、直锅佐马允三人议事。会上，胁坂安治道：“李舜臣那厮令我水军威名扫地，此次太阁殿下已经下达严令，务必歼灭朝鲜水军！此战，我七十三艘战船分为三队齐头并进，你们各领一队，先在巨济岛集结，等待战机。”
胁板左兵卫对战况颇为忧虑：“太阁殿下严令自然可畏，但我水军主力此时不能轻离大坂，朝鲜所造之龟船却又不可小觑。自目前为止，尚无有效的应对策略。
我等此前私下都曾商议，若要破他那龟船，非得从北洋海贸同盟购得的那批巨舰不可，甚至还需要为那些巨舰加装和明人巨舰一样的大量大筒(火炮)，但如今这些都没有，此番再战之时必对我方造成麻烦。”
渡边左兵卫亦同有此虑：“是的，九鬼殿下，眼下我军战船都是原有的老船，十分缺少大筒，战法只得以接弦为主，而相较朝鲜水军其他将领，这李舜臣指挥得当，若两军船队规模相当，恐怕胜负难料。”
直锅佐马允见二人如此颓废，极为不满，对二人道：“二位怎么变得如此懦弱？莫非我们毫无优势不成？我还偏就不信了，这朝鲜龟船射不穿、打不烂？朝鲜水军的大筒可不是明人的大筒，就凭他们那些大筒便能决定胜负？我认为关键仍然在于我军的布阵谋划，需从一开始便完全掌握局势！”
这里提到朝鲜火炮的问题，其实前文曾经说过。大明对朝鲜固然一直视为相对比较老实的藩邦，但其实也一直保持着戒心，两百年来一直对朝鲜实行颇为严格的火器、火药出口限制，至于其中威力最大的火炮，那当然是最为严格限制的部分。
这一来，也就导致朝鲜的火炮水平一贯较低，虽然相比于此前一直专著铁炮(火绳枪)而
几乎没有怎么发展大筒(火炮)的日军要强一点，但也就是“有胜于无”的差别。
按照此时日本水军将领们的想法，这个问题要解决其实也不难，只要大坂城那边的新舰队开过来就行，毕竟那些从京华购买或者改进的巨舰本来都是有火炮的，现在面对龟船这一之前未曾料到的大敌，只要把走私得到的火炮装到巨舰上，自然就能克敌制胜。
然而这个问题其实没那么简单，因为从京华走私得到的火炮其实早已有了去处，大体上有两个主要方向：一是划拨给了陆军方面，这个不必多解释，总之陆军拿走了大概六成；
二是用来构筑大坂城防。大坂城现在说一句固若金汤恐怕不是开玩笑，至少其在日本而言，城防能力一定已经超过了前几年被拿下的小田原城，因为从大明走私得到的火炮有三成都直接用在了大坂城的城防体系之上。
至于剩下的那一成，自然装在船上——也就是还在大坂城，在那支用来拱卫大坂湾的“新舰队”船上。这事儿怎么说呢，虽然这导致了“新舰队”的火炮其实也明显太少，但至少它们有新式火炮，集中使用的话，打掉李舜臣手里那有限的龟船肯定问题不大。
可惜无论怎么说，这些火炮九鬼嘉隆现在肯定拿不到，他甚至根本没敢向丰臣秀吉提出自己有这样的需要。
而此时，胁坂安治见直锅佐马允说到这个地步，也霍然起身，狠狠地道：“没错，不可被敌人迷惑心智，我军集结七十三艘战船这样庞大的力量，为的便是要与朝鲜水军决一死战！
朝鲜水军虽设大筒，但转向及航速皆不及我军，其所谓的龟船也不过寥寥数艘。此战我军分成三队，一旦开战，必可利用我军航速优势包围敌船，突入敌阵，有效打乱朝鲜部署，继而接弦作战，使朝鲜水军的火炮投鼠忌器！
诸君，我们要抢夺朝鲜战船及其大筒，然后编入我军船队，如此则朝鲜水军再非我等敌手。再者说，九鬼殿下为应对朝鲜龟船，已调来由明国工匠改良之后的铁甲安宅船日本丸作为秘密武器！
现在，我水军船队已集结于釜山待命，区区龟船，我看他们还是去做缩头乌龟为好，否则吾必杀之！”
既然主将都这样说了，三人也只得接受，考虑到无论如何还有一艘“明制安宅新船”镇场子，大家对于胁坂安治誓杀李舜臣的话多多少少也还抱有一定希望。于是，日军水军完成战前动员，开始行动起来。
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