三年时间转瞬即逝，这三年间，鸣人被风间奈奈子照顾得很好，从不缺衣少食，猿飞日斩有时候也会过来探望鸣人，顺道也会带来丰厚的抚恤金，只不过鸣人除了出生的那一天，鸣人便再也没有见过那个叫“夜枭”的暗部，只是凭着自己的灵识，他知道夜枭一直都在暗处，只是隐而不现。
而这在三年间，鸣人也没有将修仙之事给落下了。鸣人知道，不管是谁，刚出生的时候身体内都或多或少带有一部分先天灵气，只是随着时长日久，人们又吃五谷杂粮，便使得储存先天灵气的窍穴渐渐闭塞，及至到了四岁，窍穴基本上完全封闭。所以才刚出生的婴儿修仙往往资质是最好的，但是话又说回来，婴儿连最基本的吃喝拉撒都要大人照料，更何况是想要修仙？再者，修仙之事，少有人知。
不过鸣人不同，他虽然ròu身被毁，灵魂重生于这个世界，但是他神识仍在，虽然作为婴儿他无法掐念修仙法诀，但是他却懂得如何让自己灵魂与身体暂且分离，以魂体进行修行，这样便能够保持体内储存先天灵气的窍穴不致闭塞，等到他渐渐长成，能够重新开始进行身体上的修行的时候，便能够事半功倍了。
而让鸣人更加兴奋不已的是，这具身体的资质比他前世作为任一鸣的时候还要好，如果说任一鸣的身体资质是千年难得一遇，那作为鸣人的身体资质则是万年难得一见的。
因此等到了两岁的时候，鸣人便悄悄的瞒着风间奈奈子开始修仙，虽然即使如此，他也才刚刚达到炼气期第十层的境界，还没能够筑基，但是相比较他前世六岁筑基，已经是相当快速了。
而随着鸣人开始修仙，鸣人的相貌在这三年间也渐渐发生了变化，如果说刚出生的他完全是同玖辛奈一个模子里印出来的话，现在的鸣人却是更像水门一些，但也并完全像水门，更多的是有些像前世的鸣人，可以说是集合了三人最好的地方，虽然鸣人也说不上这是为什么，但是他推断这跟前他之前用魂体修行有着莫大的关系。
而现在，鸣人就连脸上的那六道印痕也已经完全消失了，鸣人也是在这时候才知道，这六道印痕根本不是什么所谓的胡须，而是漩涡鸣人作为预言之子的标志，里面蕴含着六道仙人的仙人查克拉，这也是为什么原著中的鸣人修行仙人模式会那么完美的原因。
不过现在这六道印痕的消失，并不代表这里面蕴含的仙人查克拉也消失了，他已经完全被鸣人吸收进了自己的体内，并被鸣人用混沌归元诀的功法将其还原成灵力，储存在身体内的各个窍穴之中。
而在吸收了这些仙人查克拉之后，鸣人发现自己体内的灵力陡然之间增加了一倍，因此鸣人忍不住暗想：“难不成这仙人查克拉还有助长灵力的功效？”
其实现在鸣人还不知道的是，再六道仙人的那个时代，这个世界还是有修士的，只不过后来修士渐渐绝迹，作为这个世界的最后一个修真者，六道仙人转化自身体内灵力从而创造出了“查克拉”，而鸣人修炼的混沌归元诀则有将事物还原成原始状态的效果，所以仙人查克拉才能够增长鸣人体内的灵力，而普通的查克拉就没这个功用了。
而这么想着的鸣人依旧到木叶的一处森林中修炼混沌归元诀，这个地方是他无意当中发现的，因为自打他来了这个世界后，他就发现这个世界的灵气十分充足，可能也就是因为这个原因才会有妙木山蛤蟆一族的仙法。
但是鸣人又发现这个世界的灵气虽然充足，但是却并没有被人使用的迹象，也就是这个世界除了他，并没有一个修士。而木叶也确实不愧木叶之名，不仅灵气充足，就连森林中也有不少的奇花瑶草，都是不可多得的灵药，在二十一世纪资源匮乏的时代，可是求都求不来的。
因此鸣人只要一有空便会瞒着风间奈奈子偷偷到森林中修炼混沌归元诀，时间一长，他便发现这处森林中有一处的灵气会形成一股漩涡，而一般来说，会出现这种情况，那就只有一个可能，那就是这个森林中有一个“灵界”。
这里的“灵界”并不是指一个什么单独的世界，而是因为这个地方的五行灵力极度平衡，从而自然而然形成的一个类似仙家道场的地方，在这种地方修行往往一日千里，而且这种地方一般来说灵药仙草也会有不少，如果运气好的话，还能找到助长修行的灵石或者用来锻造仙剑的神铁。
因此鸣人在找到这个灵界后，可谓是万分欢喜，若不是怕风间奈奈子担心，他还真想待在这处灵界中不出来了。
而这天鸣人在灵界修炼混沌归元诀时却突然有些心绪不宁，总觉得会有些什么不好的事情发生，于是他忙停止修炼，因为他知道再这下去迟早得走火入魔。
然后鸣人便往家中赶去，哪里想越是快到家中，他心中的不安便越发扩大，等到他到达家中，所看到却是一片狼藉，而地板上更是血迹斑斑，有些未干的血迹上还依稀能够看到那被鲜血粘住的火红色的长发，鸣人知道，那是风间奈奈子的头发。
“奈奈子阿姨。”鸣人一边叫着，一边便向屋子里冲去，然后他终于在通往自己房间的过道上看到了倒在那里的风间奈奈子。
“奈奈子阿姨。”鸣人忙跑过去，又用手探了探风间奈奈子的鼻息，发现还有一息尚存，于是他忙摇醒她。
而此时的风间奈奈子虽然一息尚存，但是因为流血过多早就气息奄奄，她支撑着一口气，只是为了等鸣人回来。
“鸣人……”风间奈奈子从怀中取出了一个卷轴，“奈奈子阿姨已经……没办法照顾你长大了，对不起……本来说好了，阿姨要照顾你一生一世的……只可惜……这个是忍术卷轴，阿姨知道鸣人迟早有一天……会，会成为一个出色的忍者，所以一早便将这个准备好了……”
说到这里，风间奈奈子又猛咳一声，吐出了一口鲜血来，“另外，阿姨要告诉你一个秘密……也是阿姨在无意中发现的……在，在你的襁褓中，藏着一个小本子……上面记载着……有关于你母亲玖辛奈的一切……还有许许多多的忍术……封印术……幻术……我想，当初你的母亲玖辛奈可能一早就预料到今天了……所以，早就做好准备了……”
“鸣人，你记着……你是涡之国王室最后的后裔……也就是涡之国的皇子……所以，无论如何……不管遇到任何事……都要坚强的活，活下去……”说到这里，风间奈奈子忍不住透过窗户眺望远方的天空，“如果可能，我真的好想……好想再回涡潮村……那个和平……美好……安宁的村子……”
“最后，鸣人……小心根……还有团藏……”从窗外收回视线，风间奈奈子说完这最后一句话，便闭目而逝了。
“奈奈子阿姨！”鸣人发出一声悲鸣，最后终于忍不住放声大哭起来。
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